Clase Java chartobyteconverter Tipo en desuso

Estoy trabajando en el proyecto de alineación de proteínas de ADN "readseq". Su paquete "flybase" contiene código java que tiene la clase "charToByteConverter" que no compila y da el mensaje "tipo en desuso". (http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/readseq/java/).Aquí se puede encontrar la fuente de readseq.Necesito agregar más funcionalidad a esta aplicación, no sé cómo arreglarla para avanzar hacia mi objetivo. Soy una especie de nueva bie en java. Por favor ayuda si es posible. Readseq está con su interfaz gráfica de usuario fácilmente disponible en la red. Simplemente convierte una matriz de caracteres dados a bytes. Aquí hay información sobre esto: (docjar.com/docs/api/sun/io/CharToByteConverter.html). No sé qué hacer con esto siendo desaprobado. Es una clase abstracta utilizada como en:

<code>protected byte[] getBytes(CharToByteConverter ctb) {
        ctb.reset();
        int estLength = ctb.getMaxBytesPerChar() * count;
        byte[] result = new byte[estLength];
        int length;

        try {
            length = ctb.convert(value, offset, offset + count,
                     result, 0, estLength);
            length += ctb.flush(result, ctb.nextByteIndex(), estLength);
        } catch (CharConversionException e) {
            length = ctb.nextByteIndex();
        }

        if (length < estLength) {
            // A short format was used:  Trim the byte array.
            byte[] trimResult = new byte[length];
            System.arraycopy(result, 0, trimResult, 0, length);
            return trimResult;
        }
        else {
            return result;
        }
}
</code>

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