¿PKG_CHECK_MODULES es considerado dañino?

Varios desarrolladores desalientan el uso de laPKG_CHECK_MODULES (por ejemplo, enesta respuesta) pero no hay una explicación clara y completa de sus razones en lo que he buscado. Entonces pregunto:

Por quePKG_CHECK_MODULES ser nocivo¿Cuáles son las alternativas?

Yo, por ejemplo, lo usé por primera vez hoy. Lo encontré invaluable, especialmente para tratar con conjuntos de bibliotecas bastante intrincados, como GTK +, donde tengo todas estas dependencias:

<code>-I/usr/lib/i386-linux-gnu/gtk-2.0/include -I/usr/include/atk-1.0
-I/usr/include/cairo -I/usr/include/gdk-pixbuf-2.0 -I/usr/include/pango-1.0 
-I/usr/include/gio-unix-2.0/ -I/usr/include/glib-2.0 
-I/usr/lib/i386-linux-gnu/glib-2.0/include -I/usr/include/pixman-1 
-I/usr/include/freetype2 -I/usr/include/libpng12

-lgdk-x11-2.0 -latk-1.0 -lgio-2.0 -lpangoft2-1.0 -lpangocairo-1.0 -lgdk_pixbuf-2.0 
-lcairo -lpango-1.0 -lfreetype -lfontconfig -lgobject-2.0 -lgmodule-2.0
-lgthread-2.0 -lrt -lglib-2.0 
</code>

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