Fuzzy-String, der mit grep @ übereinstim
Ich versuche, Zeilen in einer Datei mit einer Zeichenfolge abzugleichen, sagen SieACTGGGTAAACTA
. Wenn ich mach
grep "ACTGGGTAAACTA" file
Es gibt mir Zeilen, die genaue Übereinstimmungen haben. Gibt es eine Möglichkeit, eine bestimmte Anzahl von Fehlpaarungen (Ersetzungen, Einfügungen oder Löschungen) zuzulassen? Zum Beispiel suche ich Sequenzen
Bis zu 3 erlaubte Untertitel wie "AGTGGGTAACCAA" usw.
Einfügungen / Löschungen (mit einer Teilübereinstimmung wie "ACTGGGAAAATAAACTA" oder "ACTAAACTA")