Offline-Installation einer Paketliste: Abhängigkeiten in der angegebenen Reihenfolge erhalten
Ich habe die Quelldateien für eine Reihe von Paketen und deren Abhängigkeiten, die ich auf Computern ohne Internetzugang installieren möchte. Ich möchte all dies auf anderen Computern als USB-Stick installieren, aber die Installation schlägt bei einigen Paketen fehl, da die Abhängigkeiten nicht vor den Paketen installiert werden. Wie kann ich erreichen, dass die Abhängigkeiten vor den Paketen, die sie benötigen, in der richtigen Reihenfolge installiert werden?
Hier ist meine aktuelle Methode, um die Pakete und ihre Abhängigkeiten in der richtigen Reihenfolge abzurufen:
# find the dependencies for the packages I want
# from http://stackoverflow.com/a/15650828/1036500
getPackages <- function(packs){
packages <- unlist(
tools::package_dependencies(packs, available.packages(),
which=c("Depends", "Imports"), recursive=TRUE)
)
packages <- union(packages, packs)
packages
}
# packages I want
my_packages <- c('stringr', 'devtools', 'ggplot2', 'dplyr', 'tidyr', 'rmarkdown', 'knitr', 'reshape2', 'gdata')
# get names of dependencies and try to get them in the right order, this seems ridiculous...
my_packages_and_dependencies <- getPackages(my_packages)
dependencies_only <- setdiff(my_packages_and_dependencies, my_packages)
deps_of_deps <- getPackages(dependencies_only)
deps_of_deps_of_deps <- getPackages(deps_of_deps)
my_packages_and_dependencies <- unique(c(deps_of_deps_of_deps, deps_of_deps, dependencies_only, my_packages))
# where to keep the source?
local_CRAN <- paste0(getwd(), "/local_CRAN")
# get them from CRAN, source files
download.packages(pkgs = my_packages_and_dependencies, destdir = local_CRAN, type = "source")
# note that 'tools', 'methods', 'utils, 'stats', etc. art not on CRAN, but are part of base
# from http://stackoverflow.com/a/10841614/1036500
library(tools)
write_PACKAGES(local_CRAN)
Nun nehme ich an, dass ich auf einem anderen Computer mit einer Neuinstallation von R und RStudio (und Rtools oder Xcode) und ohne Internetverbindung bin. Stecke den USB-Stick ein, öffne die RProj-Datei, um das Arbeitsverzeichnis festzulegen, und führe das folgende Skript aus:
#############################################################
## Install from source (Windows/OSX/Linux)
# What do I want to install?
my_packages_and_dependencies <- c("methods", "tools", "bitops", "stats", "colorspace", "graphics",
"tcltk", "Rcpp", "digest", "jsonlite", "mime", "RCurl", "R6",
"stringr", "brew", "grid", "RColorBrewer", "dichromat", "munsell",
"plyr", "labeling", "grDevices", "utils", "httr", "memoise",
"whisker", "evaluate", "rstudioapi", "roxygen2", "gtable", "scales",
"proto", "MASS", "assertthat", "magrittr", "lazyeval", "DBI",
"stringi", "yaml", "htmltools", "caTools", "formatR", "highr",
"markdown", "gtools", "devtools", "ggplot2", "dplyr", "tidyr",
"rmarkdown", "knitr", "reshape2", "gdata")
# where are the source files?
local_CRAN <- paste0(getwd(), "/local_CRAN")
# scan all packages and get files names of wanted source pckgs
# I've got other things in this dir also
wanted_package_source_filenames <- list.files(local_CRAN, pattern = "tar.gz", full.names = TRUE)
# put them in order to make sure deps go first, room for improvement here...
trims <- c(local_CRAN, "/", "tar.gz")
x1 <- gsub(paste(trims, collapse = "|"), "", wanted_package_source_filenames)
x2 <- sapply( strsplit(x1, "_"), "[[", 1)
idx <- match(my_packages_and_dependencies, x2)
wanted_package_source_filenames <- na.omit(wanted_package_source_filenames[idx])
install.packages(wanted_package_source_filenames,
repos = NULL,
dependencies = TRUE,
contrib.url = local_CRAN, # I thought this would take care of getting dependencies automatically...
type = "source" )
Dies funktioniert einigermaßen gut, aber einige Pakete können nicht installiert werden:
sapply(my_packages_and_dependencies, require, character.only = TRUE)
methods tools bitops stats
TRUE TRUE TRUE TRUE
colorspace graphics tcltk Rcpp
TRUE TRUE TRUE TRUE
digest jsonlite mime RCurl
TRUE TRUE TRUE FALSE
R6 stringr brew grid
TRUE TRUE TRUE TRUE
RColorBrewer dichromat munsell plyr
TRUE TRUE TRUE TRUE
labeling grDevices utils httr
TRUE TRUE TRUE FALSE
memoise whisker evaluate rstudioapi
TRUE TRUE TRUE TRUE
roxygen2 gtable scales proto
TRUE TRUE TRUE TRUE
MASS assertthat magrittr lazyeval
TRUE TRUE TRUE TRUE
DBI stringi yaml htmltools
TRUE TRUE TRUE TRUE
caTools formatR highr markdown
TRUE TRUE TRUE TRUE
gtools devtools ggplot2 dplyr
TRUE FALSE FALSE TRUE
tidyr rmarkdown knitr reshape2
FALSE FALSE TRUE TRUE
gdata
TRUE
Warning messages:
1: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
there is no package called ‘RCurl’
2: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
there is no package called ‘httr’
3: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
there is no package called ‘devtools’
4: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
there is no package called ‘ggplot2’
5: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
there is no package called ‘tidyr’
6: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
there is no package called ‘rmarkdown’
Scheint, dass knitr vor rmarkdown kommen muss, reshape2 vor tidyr und ggplot2 usw. usw.
Es muss eine einfachere und vollständigere Lösung für das Problem geben, die Liste der Quelldateien in der ganz bestimmten Reihenfolge abzurufen, die erforderlich ist, um alle Abhängigkeiten in die richtige Reihenfolge zu bringen. Was ist der einfachste Weg, dies zu tun (ohne die Verwendung von beigestellten Paketen)?
Dies ist das System, an dem ich gerade arbeite. Ich verwende die Quellversionen von Paketen, um mich auf die Offline-Computer (OSX / Linux / Windows) vorzubereiten:
> sessionInfo()
R version 3.1.2 (2014-10-31)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] tcltk grid tools stats graphics
[6] grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] gdata_2.13.3 reshape2_1.4.1
[3] knitr_1.9 dplyr_0.4.1
[5] gtools_3.4.1 markdown_0.7.4
[7] highr_0.4 formatR_1.0
[9] caTools_1.17.1 htmltools_0.2.6
[11] yaml_2.1.13 stringi_0.4-1
[13] DBI_0.3.1 lazyeval_0.1.10
[15] magrittr_1.5 assertthat_0.1
[17] proto_0.3-10 scales_0.2.4
[19] gtable_0.1.2 roxygen2_4.1.0
[21] rstudioapi_0.2 evaluate_0.5.5
[23] whisker_0.3-2 memoise_0.2.1
[25] labeling_0.3 plyr_1.8.1
[27] munsell_0.4.2 dichromat_2.0-0
[29] RColorBrewer_1.1-2 brew_1.0-6
[31] stringr_0.6.2 R6_2.0.1
[33] mime_0.2 jsonlite_0.9.14
[35] digest_0.6.8 Rcpp_0.11.4
[37] colorspace_1.2-5 bitops_1.0-6
[39] MASS_7.3-35
loaded via a namespace (and not attached):
[1] parallel_3.1.2
BEARBEITE Nach Andries hilfreicher Bemerkung habe ich es mit miniCRAN versucht. Das bisschen, das in der Vignette fehlt, ist, wie man die Pakete aus dem lokalen Repository installiert. Das habe ich versucht:
library("miniCRAN")
# Specify list of packages to download
pkgs <- c('stringr', 'devtools', 'ggplot2', 'dplyr', 'tidyr', 'rmarkdown', 'knitr', 'reshape2', 'gdata')
# Make list of package URLs
revolution <- c(CRAN="http://cran.revolutionanalytics.com")
pkgList <- pkgDep(pkgs, repos=revolution, type="source" )
pkgList
# Set location to store source files
local_CRAN <- paste0(getwd(), "/local_CRAN")
# Make repo for source
makeRepo(pkgList, path = local_CRAN, repos = revolution, type = "source")
# install...
install.packages(pkgs,
repos = local_CRAN, # do I really need "file:///"?
dependencies = TRUE,
contrib.url = local_CRAN,
type = "source" )
Und das Ergebnis ist:
Installing packages into ‘C:/emacs/R/win-library/3.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
unable to access index for repository C:/Users/.../local_CRAN/src/contrib
Warning in install.packages :
packages ‘stringr’, ‘devtools’, ‘ggplot2’, ‘dplyr’, ‘tidyr’, ‘rmarkdown’, ‘knitr’, ‘reshape2’, ‘gdata’ are not available (for R version 3.1.2)
Was fehle ich hier?
BEARBEITE Ja, mir fehlte die richtige Verwendung vonfile:///, was so aussehen sollte:
install.packages(pkgs,
repos = paste0("file:///", local_CRAN),
type = "source")
Das hat mich auf Trab gehalten, alles funktioniert jetzt im Grunde wie erwartet. Vielen Dank. Jetzt muss ich nur noch nachsehen:fatal error: curl/curl.h: No such file or directory, wodurch die Installation von RCurl und httr gestoppt wird.