Ich mache es jetzt auf eine sehr hässliche Art und Weise, indem ich den gesamten erforderlichen Pfad manuell einfüge (das gtk-Bundle befindet sich aufD:/Tools/gtk+-bundle_2.20.0-20100406_win32):

include_directories(D:/Tools/gtk+-bundle_2.20.0-20100406_win32/include/gtk-2.0 D:/Tools/gtk+-bundle_2.20.0-20100406_win32/include/glib-2.0 D:/Tools/gtk+-bundle_2.20.0-20100406_win32/lib/glib-2.0/include D:/Tools/gtk+-bundle_2.20.0-20100406_win32/include/cairo D:/Tools/gtk+-bundle_2.20.0-20100406_win32/include/pango-1.0 D:/Tools/gtk+-bundle_2.20.0-20100406_win32/lib/gtk-2.0/include D:/Tools/gtk+-bundle_2.20.0-20100406_win32/include/atk-1.0)
link_directories(D:/Tools/gtk+-bundle_2.20.0-20100406_win32/lib)

target_link_libraries(MyProgram gtk-win32-2.0.lib)