Ich benötige einen Teilgraphen der Startknoten (die Eingabeliste der Knoten; file.txt) und ihrer ersten Interaktoren (Nachbarn) aus einem Graphen (g) unter Verwendung von igraph. Leider habe ich nur einen einzigen Knoten im Untergraphen und nicht alle anderen Knoten und Kanten (Eckpunkte), die sie miteinander verbinden.

g<-read.graph("DATABASE.ncol",format="ncol",directed=FALSE) #load the data
g2<-simplify(g, remove.multiple=TRUE, remove.loops=TRUE) # Remove the self-loops in the data
DAT1 <- readLines("file.txt")   #It provides a character vector right away
list_nodes_1 = neighbors(g2, DAT1) #list of nodes to be fetched in subnetwork
list_nodes_1 # 16
g3 <- induced.subgraph(graph=g2,vids=DAT1) #subnetwork construction
g3 # GRAPH UN-- 1 0 --; indicating only one node
plot (g3)

Irgendwelche Vorschläge zum Erhalten des gesamten Teilnetzwerks (einschließlich Knoten und Eckpunkte)? oder gibt es eine andere funktion zum erstellen von subgraphen?

DATABASE.ncol:

MAP2K4  FLNC
MYPN    ACTN2
ACVR1   FNTA
GATA2   PML
RPA2    STAT3
ARF1    GGA3
ARF3    ARFIP2
ARF3    ARFIP1
XRN1    ALDOA
APP     APPBP2
APLP1   DAB1
CITED2  TFAP2A
EP300   TFAP2A
APOB    MTTP
ARRB2   RALGDS
CSF1R   GRB2
PRRC2A  GRB2
LSM1    NARS
SLC4A1  SLC4A1AP
BCL3    BARD1

Es ist eine einfache Textdatei mit einer Kante pro Zeile. Eine Kante wird durch zwei symbolische Scheitelpunktnamen definiert, die durch einen Tabulator getrennt sind:

file.txt

ALDOA
APLP1
GRB2
RPA2
FLNC
BCL3
APP
RALGDS
PRRC2A
NARS
LSM1
GGA3
FNTA