Diese Frage bezieht sich auf diese 2:
1.CSS - Anwenden von Padding auf Box mit Scroll, Bottom-Padding funktioniert nicht
2.Die untere Polsterung funktioniert bei Überlaufelementen in Nicht-Chrome-Browsern nicht

Aber ich habe nirgends herausgefunden, warum es passiert, das heißt, warum in Chrome (31) und Opera (18) die Auffüllung erscheint und in Firefox (26) und IE (9-10) nicht.

Hier ist mein Testfall:
http://jsfiddle.net/eW39h/4/

Ein einfacheres Beispiel aus der verwandten Frage Nr. 1:
http://jsfiddle.net/rwgZu/

<div id="container">
    <div id="innerBox"></div>
</div>

#container {
    padding: 3em;
    overflow-x: hidden;
    overflow-y: auto;
    width: 300px;
    height: 300px;
    background: red;
}

#innerBox{
    height: 400px;
    background: #000;
}

Ich bin nicht wirklich auf der Suche nach einer Lösung, aber um zu verstehen, was genau die richtige Implementierung ist (und welche Browser es falsch verstanden haben :-)).

BEARBEITEN 18. Dezember 2013

Basierend auf der Antwort von Marc Audet habe ich die Spezifikationen durchgesehen und einen neuen Testfall erstellt.
http://jsfiddle.net/rwgZu/79/

Hier ist es offensichtlich, dass alle Browser das überlaufende Kästchen an derselben Stelle abschneiden, nämlich an der Auffüllkante ", was in der Tat der Spezifikation entspricht:

Bei jedem Überlauf gibt die Eigenschaft 'overflow' an, ob eine Box an ihrer Füllkante abgeschnitten ist

Und trotzdem gibt es in Chrome eine zusätzliche Polsterung nach der inneren Box.

Interessanterweise führt das Hinzufügen von überfülltem Inhalt in der inneren Box auf allen Browsern zu einheitlichen Ergebnissen:
http://jsfiddle.net/uPY8j/1/

Ich konnte die Regeln für diese Art von Bedingungen nicht in den Spezifikationen finden, daher lasse ich die Frage vorerst noch offen.