Ich habe einige Probleme, ein Kommandozeilenprogramm namens molconvert von R mit aufzurufensystem() in Windows. molconvert befindet sich in"C:\Program Files\ChemAxon\MarvinBeans\bin" Ich würde dann gerne anrufensystem() odershell() um nachzuahmen, was ich durch Tippen erreichen würde

molconvert pdb "C:\molecule conversions\cembrene A.mol"

an der Eingabeaufforderung und sammeln Sie die resultierende Ausgabe zurück zu R wie in

out=system(...,intern=T)

Ich scheine allerdings Probleme mit den Backslashes und den Leerzeichen in den Pfaden zu haben. Ich habe es mit versucht

dirmolconvert="C:\\Program Files\\ChemAxon\\MarvinBeans\\bin"
shell(shQuote(paste(dirmolconvert,"\\molconvert pdb "C:\\cembrene A.mol",sep="")))

Aber das gibt mir "Fehler: Unerwartetes Symbol in ..." und das Entkommen aus dem "hilft auch nicht weiter. Irgendwelche Gedanken darüber, wie ich das beheben soll?

oder

system(paste(dirmolconvert,"\\molconvert pdb \"C:\\cembrene A.mol\"",sep=""), intern=T)

aber das gibt mir

'C:\Program' not found

Irgendwelche Gedanken?

Bearbeiten: Basierend auf der Antwort unten ist der richtige Weg, dies zu tun, offensichtlich

inputdir="C:/Users/Ento/Documents/GCMS/molconvert test"
molconvertdir="C:/Program Files/ChemAxon/MarvinBeans/bin"
molecule="cembrene A.mol"
out=system(paste(shQuote(file.path(molconvertdir, "molconvert.bat")),
             "pdb",
             shQuote(file.path(inputdir,molecule))),intern=T)