Beim Plotten von Fehlerbalkendiagrammen folgt matplotlib nicht den rcParams ohne Linienstil. Stattdessen werden alle Punkte geplottet, die mit einer Linie verbunden sind. Hier ist ein minimales Arbeitsbeispiel:

import matplotlib.pyplot as plt

lines = {'linestyle': 'None'}
plt.rc('lines', **lines)

plt.errorbar((0, 1), (1, 0), yerr=(0.1, 0.1), marker='o')

plt.savefig('test.pdf')
plt.delaxes()

Ist die einzige Lösung, die explizit festgelegt werden musslinestyle='None' beim anrufenpyplot.errorbar()?