Ich habe Millionen von Saitenpaaren mit der gleichen Länge, die ich vergleichen möchte, und finde die Position, an der sie nicht übereinstimmen.

Zum Beispiel für jeden$str1 und$str2 Wir wollen eine Fehlpaarungsposition mit finden$str_source:

$str_source = "ATTCCGGG";

$str1       = "ATTGCGGG"; # 1 mismatch with Str1 at position 3 (0-based)
$str2       = "ATACCGGC"; # 2 mismatches with source at position  2 and 7

Gibt es einen schnellen Weg, dies zu tun? Momentan habe ich die C-Style-Methode, mit der ich jede Position in beiden Strings mit der 'substr'-Funktion schleife. Aber dieser Ansatz ist schrecklich langsam.

my @mism_pos;
for $i (0 .. length($str_source)) {
   $source_base = substr($str_source,$i,1);
   $str_base    = substr($str2,$i,$1);

  if ($source_base ne $str_base) {
     push @mism_pos,$i;
  }

}