R: быстрое скользящее окно с заданными координатами
У меня есть таблица данных с nrow около миллиона или два и ncol около 200.
Каждая запись в строке имеет координату, связанную с ней.
Крошечная часть данных:
[1,] -2.80331471 -0.8874522 -2.34401863 -3.811584 -2.1292443
[2,] 0.03177716 0.2588624 0.82877467 1.955099 0.6321881
[3,] -1.32954665 -0.5433407 -2.19211837 -2.342554 -2.2142461
[4,] -0.60771429 -0.9758734 0.01558774 1.651459 -0.8137684
Координаты для первых 4 строк:
9928202 9928251 9928288 9928319
То, что я хотел бы, это функция, которая, учитывая данные и размер окна, будет возвращать таблицу данных того же размера со средним скользящим окном, примененным к каждому столбцу. Или другими словами - для каждой записи строки я он найдет записи с координатами между координатами [i] -windsize и ords [i] + windsize и заменит начальное значение средним значением внутри этого интервала (отдельно для каждого столбца).
Скорость является главной проблемой здесь.
Вот мой первый дубль такой функции.
doSlidingWindow