Существуют ли какие-либо рекомендации или рекомендации по управлению библиотеками, которые неt на nuget вместе с пакетами, которые есть.

Большинство из них могут быть сторонними библиотеками, которые никогда не могут использовать nuget, если мы специально не включили их.

Лучше ли хранить эти библиотеки в той же папке, которую использует Nuget для хранения своих загруженных библиотек, или лучше хранить их вместе?

Мы рассмотрим переход на DVCS после того, как разберемся с этим, и, возможно, добавим файл игнорирования, чтобы игнорировать весь каталог пакетов (и, возможно, добавим исключения для этих ненулевых dll или просто заставим их регистрироваться, если они когда-либо изменятся). ).