В частности, это из .ico-файла, поэтому нет «прозрачного» «информационного» атрибута, который вы бы получили в gif. Приведенный ниже пример иллюстрирует преобразование значка Yahoo! в png с использованием правильного индекса прозрачности «0», как я и догадался. Как обнаружить, что ICO на самом деле прозрачный и что индекс прозрачности равен 0?

import urllib2
import Image
import StringIO

resp = urllib2.urlopen("http://www.yahoo.com/favicon.ico")
image = Image.open(StringIO.StringIO(resp.read()))

f = file("test.png", "w")

# I guessed that the transparent index is 0.  how to
# determine it correctly ?
image.save(f, "PNG", quality=95, transparency=0)