Видимо, порядок параметров запроса не сохраняется в контейнере сервлетов Tomcat (на Google, похоже, другие контейнеры имеют ту же проблему).

Это кажется очень неправильным.

Как восстановить действительный порядок параметров запроса из запроса HttpServletRequest?

РЕДАКТИРОВАТЬ КСТАТИ для тех, кто считает порядок для параметров запроса не имеет значения, есть разница между:

http://blah?a=1&a=2

а также

http://blah?a=2&a=1

Так что порядок имеет значение для дублирующих параметров запроса (к счастью, Java справляется с этим правильно).