Это была ошибка моего коллеги: там была банка с именем test.jar, и он исправил ее. Затем он заново скомпилировал код и создал новый jar с именем testnew.jar. Проблема заключалась в том, что он поместил эти два jar в одну папку в classpath. Поэтому, когда программа работала, поведение было неким беспорядком. Я не знал, что случилось, но после удаления test.jar все снова было в порядке.

Поэтому мне интересно, каково поведение JVM. Использует ли он файл класса в первом jar, который встречается? Или что-то другое?

Благодарю.