Какспросил в этом вопросеЯ также хочу знать, как разрешить конфликтgit stash pop без добавления всех модификаций в коммит (как в случае с «git stash pop» без конфликтов).

Мой нынешний подход очень не крутой, потому что я делаю это так:

git stash pop -> CONFLICT
git stash drop
[resolve conflict]
[add conflict files]
git reset HEAD <all files that are in commit-mode>

[Обновление] Способ воспроизвести это:

mkdir foo; cd foo; git init
echo "1" > one
echo "2" > two
git add -A; git commit -m "first"
echo "1.1" > one
echo "2.1" > two
git stash
echo "2.2" > two
git commit -a -m "second"
echo "Only this file would stay in HEAD without the conflict" > third
git add third
git stash pop
git status

2016-06-27: Добавлен новый файл с именем «третий» в пример, чтобы показать, что обходные пути, такие как решение от scy, работают только для пустых HEAD, но не устраняют первоначальную проблему, заключающуюся в том, что HEAD не имеет такой же контент, как дляgit stash pop без конфликта