int DiferentPixels = 0;
Bitmap first = new Bitmap("First.jpg");
Bitmap second = new Bitmap("Second.jpg");
Bitmap container = new Bitmap(first.Width, first.Height);
for (int i = 0; i < first.Width; i++)
{
    for (int j = 0; j < first.Height; j++)
    {
    int r1 = second.GetPixel(i, j).R;
    int g1 = second.GetPixel(i, j).G;
    int b1 = second.GetPixel(i, j).B;

    int r2 = first.GetPixel(i, j).R;
    int g2 = first.GetPixel(i, j).G;
    int b2 = first.GetPixel(i, j).B;

    if (r1 != r2 && g1 != g2 && b1 != b2)
    {
    DiferentPixels++;
    container.SetPixel(i, j, Color.Red);
    }
    else
    container.SetPixel(i, j, first.GetPixel(i, j));
    }
}
int TotalPixels = first.Width * first.Height;
float dierence = (float)((float)DiferentPixels / (float)TotalPixels);
float percentage = dierence * 100;

ощью этой части кода я сравниваю 2 изображения с каждым пикселем и да, это работает, если он возвращает процент разницы, поэтому он сравнивает каждый пиксель первого изображения с пикселем в том же индексе второго изображения. Но что здесь не так, у меня может быть огромная точность это не должно работать так, сравнение, и, возможно, есть лучшие алгоритмы, которые быстрее и гибче. Таким образом, у любого есть идея, как я могу преобразовать сравнение, если я продолжу с этим, или я должен сравнить цвета каждого пикселя или ...

PS: Если у кого-то есть решение, как сделать Parallel этот код, я бы тоже его принял! Как расширение этого до 4 потоков, они будут делать это быстрее прямо в Quad Core?