Извините, я не мог понять, как рассчитать матрицу расстояний, я выпускник сельскохозяйственного факультета, слишком новый в R. У меня 26 линий клеток, проходящих лечение свинцом (pb) с 1 по 26 день с 26 контрольными. Я хочу вычислить матрицу расстояний по пакету dtw R и использовать матрицу расстояний для пакета rTensor, чтобы сравнить сеть контроля и лечения.
я есть две матрицы нормализованных считываний для контроля и лечения во временных рядах от дня 1 до дня 26. Я хочу вычислить матрицу расстояний с помощью динамического переноса времени, а затем использовать ее для кластеризации, но она кажется слишком сложной. Я так и сделал; кто может помочь для уточнения, пожалуйста? большое спасибо
> head(control[,1:4])
MAST2 WWC2 PHYHIPL R3HDM2
Control_D1 6.591024 5.695156 3.388652 5.756384
Control_D1 8.043454 5.365221 6.859768 6.936970
Control_D3 7.731590 4.868267 6.919972 6.931073
Control_D4 8.129948 5.105528 6.627016 7.090268
Control_D5 7.690863 4.729501 6.824746 6.904610
Control_D6 8.101723 5.334501 6.868990 7.115883
>
> head(lead[,1:4])
MAST2 WWC2 PHYHIPL R3HDM2
Lead30_D1 6.418423 5.610699 3.734425 5.778046
Lead30_D2 7.918360 4.295191 6.559294 6.780952
Lead30_D3 7.807142 4.294722 6.599187 6.716040
Lead30_D4 7.856720 4.432136 6.572337 6.848483
Lead30_D5 7.827311 4.204738 6.607107 6.784094
Lead30_D6 7.848760 4.458451 6.581216 6.943003
>
> dim(control)
[1] 26 2603
> dim(lead)
[1] 26 2603
library(dtw)
for (i in control) {
for (j in lead) {
result[i,j] <- dtw( dist(control[,,i],lead[,,j]), distance.only=T )$normalizedDistance
}
}
Говорит, что
Error in lead[, , j] : incorrect number of dimensions