@ AndrewArnold хорошая точка зрения, готово.
ользую следующий код для создания пула приложений:
var metabasePath = string.Format(@"IIS://{0}/W3SVC/AppPools", serverName);
DirectoryEntry newpool;
DirectoryEntry apppools = new DirectoryEntry(metabasePath);
newpool = apppools.Children.Add(appPoolName, "IIsApplicationPool");
newpool.CommitChanges();
Как указать, что пул приложений должен использовать .NET Framework 4.0?