Я бы (и сделал) использовать команды копирования после сборки. Создайте файл .BAT, который делает все необходимые копии, прикрепите его к событию после сборки, и все готово.
я есть решение C #, что я использую внедрение зависимостей для разрешения ссылок между DLL. У меня есть exe-проект и некоторые другие dll-проекты, на которые exe не ссылается (он использует dll через контейнер IoC). Настройки проекта - это настройки Visual Studio по умолчанию, где он создает каждую DLL в своей папке. Поскольку exe не ссылается на dll, они никогда не копируются в выходной каталог exe и не обнаруживаются платформой IoC.
Как вы справляетесь с этим? Вы строите их все в одном каталоге? Использовать команды копирования после сборки? Или что-то другое?