от вопрос уже есть ответ здесь:

У меня есть главный git-репозиторий A, и мы используем исходники из другого git-репозитория B в подкаталоге нашего основного проекта. Теперь было бы хорошо проверить хранилище B в хранилище A в этом используемом подкаталоге. Если кто-то еще затем клонирует репозиторий, он, конечно, должен получить наш основной репозиторий A, а внутри него автоматически - репозиторий B.

Позвольте мне визуализировать структуру каталогов:

+ main_repository       - the root directory of the main Repository
  + src                 - directory containing the source 
    + foreignRepo       - this should be the root directory of another git repo
  + binaries
  + other

Это должно быть также известно в удаленном репозитории, просто локальная копия мне не помогает, потому что другие люди проверяют это и должны иметь возможность скомпилировать все вещи.