Похоже, вы можете отключить определенное правило, поставив перед ним дефис:

м, у меня есть каталог "my_dir" и несколько файлов в нем. И у меня есть подкаталог в нем "my_dir_subdir".

Структура файла: "my_dir / my_dir_subdir".

Как отследить my_dir через git LFS, но не отследить «my_dir / my_dir_subdir /» через git LFS