Ранее, когда я использовал Automapper v3.x, игнорирование несопоставленных свойств можно было сделать, просто добавив.IgnoreUnmappedProperties() расширение, которое выглядело так

public static class AutoMapperExtensions
{

public static IMappingExpression<TSource, TDestination> IgnoreUnmappedProperties<TSource, TDestination>(this IMappingExpression<TSource, TDestination> expression)
{
    var typeMap = Mapper.FindTypeMapFor<TSource, TDestination>();
    if (typeMap != null)
    {
        foreach (var unmappedPropertyName in typeMap.GetUnmappedPropertyNames())
        {
            expression.ForMember(unmappedPropertyName, opt => opt.Ignore());
        }
    }

        return expression;
    }
}

Как это расширение можно переписать для работы с версией 5.x. Конечно, я могу добавить следующее к каждому свойству.

.ForMember(dest => dest.LastUpdatedBy, opt => opt.Ignore())

или не звонить

Mapper.AssertConfigurationIsValid();