я используюR связать около 11000 файлов, используя:

dat <- do.call('bind_cols',lapply(lfiles,read.delim))

что невероятно медленно. Я использую R, потому что моя последующая обработка, такая как создание графиков и т. Д., Находится в R. Каковы некоторые быстрые альтернативы объединению тысяч файлов по столбцам?

У меня есть три типа файлов, для которых я хочу сделать это. Они выглядят так:

[centos@ip data]$ head C021_0011_001786_tumor_RNASeq.abundance.tsv
target_id   length  eff_length  est_counts  tpm
ENST00000619216.1   68  26.6432 10.9074 5.69241
ENST00000473358.1   712 525.473 0   0
ENST00000469289.1   535 348.721 0   0
ENST00000607096.1   138 15.8599 0   0
ENST00000417324.1   1187    1000.44 0.0673096   0.000935515
ENST00000461467.1   590 403.565 3.22654 0.11117
ENST00000335137.3   918 731.448 0   0
ENST00000466430.5   2748    2561.44 162.535 0.882322
ENST00000495576.1   1319    1132.44 0   0

[centos@ip data]$ head C021_0011_001786_tumor_RNASeq.rsem.genes.norm_counts.hugo.tab
gene_id C021_0011_001786_tumor_RNASeq
TSPAN6  1979.7185
TNMD    1.321
DPM1    1878.8831
SCYL3   452.0372
C1orf112    203.6125
FGR 494.049
CFH 509.8964
FUCA2   1821.6096
GCLC    1557.4431

[centos@ip data]$ head CPBT_0009_1_tumor_RNASeq.rsem.genes.norm_counts.tab
gene_id CPBT_0009_1_tumor_RNASeq
ENSG00000000003.14  2005.0934
ENSG00000000005.5   5.0934
ENSG00000000419.12  1100.1698
ENSG00000000457.13  2376.9100
ENSG00000000460.16  1536.5025
ENSG00000000938.12  443.1239
ENSG00000000971.15  1186.5365
ENSG00000001036.13  1091.6808
ENSG00000001084.10  1602.7165

Спасибо!