Вы можете использовать следующий метод расширения с любой веб-страницы или вложенного пользовательского элемента управления:

static class Extensions
{
    public static void ShowAlert(this Control control, string message)
    {
        if (!control.Page.ClientScript.IsClientScriptBlockRegistered("PopupScript"))
        {
            var script = String.Format("<script type='text/javascript' language='javascript'>alert('{0}')</script>", message);
            control.Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(control.Page.GetType(), "PopupScript", script);
        }
    }
}

следующим образом:

class YourPage : Page
{
    private void YourMethod()
    {
        try
        {
            // do stuff
        }
        catch(Exception ex)
        {
            this.ShowAlert(ex.Message);
        }
    }
}

MessageBox, как сказали другие, илиRegisterClientScriptBlock если вы хотите что-то более произвольное, но ваш вариант использования крайне сомнителен. Простое отображение исключений - это не то, что вы хотите делать в производственном коде - вы не хотите раскрывать эту деталь публично и хотите записать ее с надлежащей регистрацией в частном порядке.

Я не уверен, что я понимаю, но я предполагаю, что вы пытаетесь показать MessageBox из ASP.Net?

Если это так, эта статья проекта кода может быть полезна:Простая функциональность MessageBox в ASP.NET

Немного сложно дать однозначный ответ без дополнительной информации, но одним из обычных способов является регистрация сценария запуска:

try
{
  ...
}
catch(ApplicationException ex){
  Page.ClientScript.RegisterStartupScript(this.GetType(),"ErrorAlert","alert('Some text here - maybe ex.Message');",true);
}

Вы имеете в виду окно сообщения?

MessageBox.Show("Error Message", "Error Title", MessageBoxButtons.OK, MessageBoxIcon.Exclamation);

Больше информации здесь:http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.windows.forms.messagebox(v=VS.100).aspx

если вы используете Ajax на своей странице, которые требуют диспетчера сценариевPage.ClientScript
не будет работать, попробуйте это, и это сделает работу:

ScriptManager.RegisterClientScriptBlock(this, GetType(),
            "alertMessage", @"alert('your Message ')", true);

Вы также можете сделать это:

 catch (Exception ex)
    {

        ScriptManager.RegisterStartupScript(Page, Page.GetType(), "showError",
           "alert('" + ex.Message + "');", true);

    }

это покажет сообщение об исключении в окне предупреждения

Просто используйте это, чтобы показать окно сообщения с предупреждением в коде позади.

ScriptManager.RegisterStartupScript(this, this.GetType(), "script", "alert('Record Saved Sucessfully');", true);