Я вяжу файл .Rmd и хочу иметь два вывода: html и purl'ed R-скрипт при каждом запуске knit. Это можно сделать с помощью следующего файла Rmd:

---
title: "Purl MWE"
output: html_document
---

```{r}
## This chunk automatically generates a text .R version of this script when     running within knitr.
input  = knitr::current_input()  # filename of input document
output = paste(tools::file_path_sans_ext(input), 'R', sep = '.')
knitr::purl(input,output,documentation=1,quiet=T)
```

```{r}
x=1
x
```

Если вы не называете чанк, он работает нормально, и вы получаете вывод html и .R каждый раз, когда запускаете knit () (или нажимаете knit в RStudio).

Тем не менее, если вы назовете кусок, это не удастся. Например:

title: "Purl MWE"
output: html_document
---

```{r}
## This chunk automatically generates a text .R version of this script when     running within knitr.
input  = knitr::current_input()  # filename of input document
output = paste(tools::file_path_sans_ext(input), 'R', sep = '.')
knitr::purl(input,output,documentation=1,quiet=T)
```


```{r test}
x=1
x
```

Это терпит неудачу с:

Quitting from lines 7-14 (Purl.Rmd) 
Error in parse_block(g[-1], g[1], params.src) : duplicate label 'test'
Calls: <Anonymous> ... process_file -> split_file -> lapply -> FUN -> parse_block
Execution halted

Если вы закомментируетеpurl() вызов, это будет работать с именованным чанком. Так что есть кое-что о том, какpurl() вызов также называет куски, которые вызываютknit() думать, что есть повторяющиеся имена чанков, даже если нет дубликатов.

Есть ли способ включитьpurl() команда внутри файла .Rmd, чтобы оба вывода (html и R) были произведены? Или есть лучший способ сделать это? Моя конечная цель - использовать новыйrmarkdown::render_site() создать сайт, который обновляет вывод HTML и R при каждой компиляции сайта.