Это приводит к тому, что один и тот же элемент добавляется в массив - который используется для запросов - возможно, дважды. Когда модальное окно закрывается и открывается снова, а фильтрация не используется, все в порядке (это потому, что мои модалы просто находятся в HTML, я просто скрываю их при щелчке). Когда элемент, который уже был добавлен, но его галочка была потеряна из-за фильтрации, проверяется снова, добавляются два одинаковых элемента. Когда он не отмечен, оба удаляются, если это не последний элемент в массиве, его нельзя удалить (я знаю, что это моя логика slapdash). Ниже приведен соответствующий код HTML и JavaScript (известные последние слова).

HTML:

<div style="display: inline-block;" ng-controller="modalCtrl">
                <button ng-click="showModal = !showModal">Entities</button>
                <div ng-init="showModal=false">
                    <div class="modal fade in" aria-hidden="false"
                        style="display: block;" ng-show="showModal">
                        <div class="modal-dialog">
                            <div class="modal-content">
                                <strong>ENTITIES</strong>
                                <div>
                                    <div>
                                        <input type="text" placeholder="Search" ng-model="simpleFilter">
                                        <button type="button" ng-click="showModal=false">Ok</button>
                                    </div>
                                </div>
                                <br>
                                <div ng-repeat="entity in entityArray | filter:simpleFilter">

                                    <label> <input
                                        style="display: inline-block; margin-top: 5px"
                                        type="checkbox" ng-model="entityChecked"
                                        ng-change="getEntityFromModal(entity, entityChecked)" /> <a>{{entity}}</a>
                                    </label>
                                </div>
                            </div>
                        </div>
                    </div>
                </div>
            </div>

Модальный контроллер:

angular.module("app").controller("modalCtrl", ["$scope", "shareDataService", "getDataService", function ($scope, shareDataService,      ngDialog, getDataService) {


$scope.entityArray = shareDataService.getEntityArray();
$scope.depotArray = shareDataService.getDepotArray();

     $scope.getEntityFromModal = function (entity, checked) {
         shareDataService.setModalEntity(entity, checked);
     };

    $scope.getDepotFromModal = function (depot, checked) {
        shareDataService.setModalDepot(depot, checked);
     };

}]);

shareDataService (соответствующие методы):

angular.module("app").factory("shareDataService", function () {

var entityArrayService = [];
var depotArrayService = [];
var modalEntity = [];
var modalDepot = [];

getEntityArray: function () {
        return entityArrayService;
    },
getDepotArray: function () {
        return depotArrayService;
    },
setModalEntity: function (entity, checked) {
        if (!checked) {
            for (var i = 0; i < modalEntity.length; i++) {
                if (modalEntity[i] === entity) {
                    modalEntity.splice(i, 1);
                }
            }
        } else {
            modalEntity.push(entity);
        }
    },
setModalDepot: function (depot, checked) {
        if (!checked) {
            for (var i = 0; i < modalDepot.length; i++) {
                if (modalDepot[i] === depot) {
                    modalDepot.splice(i, 1);
                }
            }
        } else {
            modalDepot.push(depot);
        }
    },
});

Есть и другие случаи, когда методы dataservice вызываются в моем главном контроллере, но они используются только для длины массива. Так что, если проблема с флажком решена, все решено.