Плагин SonarQube JIRA - как настроить данные авторизации и какие разрешения нужны пользователю?
http://docs.sonarqube.org/display/PLUG/JIRA+Plugin
В приведенной выше инструкции: установитеsonar.jira.url, sonar.jira.login.secured а такжеsonar.jira.password.secured свойства.