В этом коде, какова роль символа%3d? Я знаю, что% означает ссылку на переменную.

Это код:

#include <stdio.h>
int main(void)
{
    int t, i, num[3][4];
    for(t=0; t<3; ++t)
        for(i=0; i<4; ++i)
            num[t][i] = (t*4)+i+1;
    /* now print them out */
    for(t=0; t<3; ++t) {
        for(i=0; i<4; ++i)
            printf("%3d ", num[t][i]);
        printf("\n");
    }
    return 0;
}