На этот вопрос уже есть ответ:

Хорошо. Я не понимаю, почему мой код сообщает об исключении NullPointerException, но я уже довольно давно пытаюсь это выяснить.

И нет,files не являетсяnull.

Ред .: Это была ошибка с моей стороны, она была нулевой (я не видел порядок выполнения функций.

Вот мой код:

public String[] files;

private void updateRefs(String filepath) {
    try { 
        scr++;
        files[scr] = filepath; //NullPointerException???
    } catch ( Exception e ) {
        e.printStackTrace();
    }
}