Это очень просто воссоздать. Если мой скрипт foo.py:

import scipy

Затем запустите:

python pyinstaller.py --onefile foo.py

Когда я запускаю foo.exe, я получаю:

WARNING: file already exists but should not: C:\Users\username\AppData\Local\Temp\_MEI86402\Include\pyconfig.h

Я протестировал несколько версий, но последняя, которую я подтвердил, это 2.1dev-e958e02, работающая на Win7, Python 2.7.5 (32-разрядная версия), версия Scipy 0.12.0

Я отправил билет людям из Pyinstaller, но еще ничего не слышал. Любые подсказки, как отладить это дальше?