Эндрю Гельман недавно посетовал на отсутствие простого процесса обновления для R (вероятно, более актуально для Windows, чем для Linux). У кого-нибудь есть хороший прием для обновления, от установки программного обеспечения до копирования всех настроек / пакетов?

Это предложение содержалось в комментариях и является тем, что я использовал недавно. Сначала вы устанавливаете новую версию, а затем запускаете ее в старой версии:

#--run in the old version of R
setwd("C:/Temp/")
packages <- installed.packages()[,"Package"]
save(packages, file="Rpackages")

Вслед за этим в новой версии:

#--run in the new version
setwd("C:/Temp/")
load("Rpackages")
for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
install.packages(p)