Я видел кое-что из этого в переполнении стека, но мне интересно, есть ли какая-либо причина использовать модель сущностей БД и каковы конкретные плюсы и минусы использования того или другого.

Я прочитал ndb немного быстрее, и это помогает с кэшированием. Они имеют много информации в документах, но на самом деле не говорят, что ndb лучше. По крайней мере, я этого еще не нашел.