Doxygen немного медленный - на обработку всего моего проекта уходит около пары минут, поэтому для небольших инкрементальных изменений это дольше, чем на самом деле сборка остальной части моего кода. Существуют тысячи файлов без какой-либо документации, поэтому я думаю, что они тратят большую часть своего времени на их обработку. Есть ли способ заставить его пропускать файлы без какой-либо документации?

Как насчет того, чтобы заставить его обрабатывать только измененные файлы?