Это моя структура папок:

data/
    .gitignore
    uploads/
        .gitignore

Я хотел бы зафиксировать папки, но не файлы внутри них.

Поэтому я добавляю файлы .gitignore в каждую папку со следующим содержимым:

# Ignore everything in this directory
*
# Except this file
!.gitignore

Проблема в том, что* также подходит для каталогов, так что только git-трекиdata/.gitignore