У меня есть пара вопросов, касающихся сценариев Bash.

У меня есть файл (file_in.txt), содержащий эти имена

aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.2.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.3.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.4.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.5.fasta.annot.xml

и у меня есть другой файл (file_out.txt), как эти названия

aphid_splitseq_1
aphid_splitseq_2
aphid_splitseq_3
aphid_splitseq_4
aphid_splitseq_5

Теперь я хочу такие заявления

java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml -out results/aphid_splitseq_1 -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat 

В общем, я хочу просмотреть каждый из файлов file_in.txt и file_out.txt и заменить значения -in и -out на i и j соответственно.

Я пробовал это в Bash .... но неКажется, не работает. Вот...

for i in `cat file_in.txt`; for j in `cat file_out.txt`; do java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in $i -out results/$j -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat; done; done

Во-вторых, мне интересно, если есть способ конвертировать aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml в aphid_splitseq_1 в bash?

Спасибо упендра