При написании пакета R, который использует пакет Matrix, почему я должен указывать Matrix :: t () вместо просто t ()?

Рассмотрим следующие простые функции, определенные в сеансе R:

nathanvan@nathanvan-N61Jq:~$ R

R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
... snip ... 
> make.a.Matrix  
> transpose.a.Matrix  
> make.a.Matrix(1:12, 3, 4)
Loading required package: Matrix
Loading required package: lattice
3 x 4 Matrix of class "dgeMatrix"
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    1    4    7   10
[2,]    2    5    8   11
[3,]    3    6    9   12
> transpose.a.Matrix(1:12, 3, 4)
4 x 3 Matrix of class "dgeMatrix"
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    2    3
[2,]    4    5    6
[3,]    7    8    9
[4,]   10   11   12

Если мы поместим те же функции в пакет,transpose.a.Matrix функция больше не работает.Поскольку описание процесса создания пакета будет слишком длинным, я просто разместил копию пакетаВот, Я разместилDESCRIPTION а такжеNAMESPACE файлы в конце вопроса. Если другие части актуальны, яБуду рад опубликовать их тоже. Просто дай мне знать!

nathanvan@nathanvan-N61Jq:~$ R

R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
... snip ... 
> require(minimalbugexample)
Loading required package: minimalbugexample
Loading required package: Matrix
Loading required package: lattice
Loading required package: testthat
> make.a.Matrix(1:12, 3, 4)
3 x 4 Matrix of class "dgeMatrix"
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    1    4    7   10
[2,]    2    5    8   11
[3,]    3    6    9   12
> transpose.a.Matrix(1:12, 3, 4)
Error in t.default(make.a.Matrix(data, nrow = nrow, ncol = ncol)) : 
  argument is not a matrix
> transpose.a.Matrix
function(data, nrow, ncol  ) {
  return(t( make.a.Matrix(data, nrow=nrow, ncol=ncol) ))
}

Я думаю, что ключ здесь что-то странное в пространстве имен. Обратите внимание, что если я отлаживаю функцию, я могу вручную вызватьMatrix::t и это будет работать, покаbase::t терпит неудачу с той же ошибкой.

> debug(transpose.a.Matrix)
> transpose.a.Matrix(1:12, 3, 4)
debugging in: transpose.a.Matrix(1:12, 3, 4)
debug at /home/nathanvan/Ubuntu One/workspace/experimental-design/software/minimalbugexample/R/use-Matrix-package.R#31: {
    return(t(make.a.Matrix(data, nrow = nrow, ncol = ncol)))
}
Browse[2]> t(Matrix(1:12, 3, 4))
Error in t.default(Matrix(1:12, 3, 4)) : argument is not a matrix
Browse[2]> t
function (x) 
UseMethod("t")


Browse[2]> Matrix::t(Matrix(1:12, 3, 4))
4 x 3 Matrix of class "dgeMatrix"
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    2    3
[2,]    4    5    6
[3,]    7    8    9
[4,]   10   11   12
Browse[2]> base::t(Matrix(1:12, 3, 4))
Error in t.default(Matrix(1:12, 3, 4)) : argument is not a matrix

И все же используяshowMethodsПредлагаю использоватьt должен найти правильный, хотя это не так.

Browse[2]> showMethods('t')
Function: t (package base)
x="ANY"
x="CsparseMatrix"
x="dgeMatrix"
x="diagonalMatrix"
x="dppMatrix"
x="dsCMatrix"
x="dspMatrix"
x="dsTMatrix"
x="dsyMatrix"
x="dtpMatrix"
x="dtrMatrix"
x="dtTMatrix"
x="lgeMatrix"
x="lspMatrix"
x="lsTMatrix"
x="lsyMatrix"
x="ltpMatrix"
x="ltrMatrix"
x="ltTMatrix"
x="matrix"
    (inherited from: x="ANY")
x="Matrix"
x="ngeMatrix"
x="nspMatrix"
x="nsTMatrix"
x="nsyMatrix"
x="ntpMatrix"
x="ntrMatrix"
x="ntTMatrix"
x="pMatrix"
x="RsparseMatrix"
x="TsparseMatrix"

Сейчас я могуисправить» это путем редактирования исходного кода для пакета, так чтоtranspose.a.Matrix функция указывает, что ей нужноMatrix::t метод:

transpose.a.Matrix = 3.0.1),
    Matrix (>= 1.0),
    testthat
License: GPL
LazyData: true
Collate:
    'minimalbugexample-package.r'
    'use-Matrix-package.R'

Мой файл NAMESPACE

export(make.a.Matrix)
export(transpose.a.Matrix)

и я могу разместить дополнительные части по запросу.

Ответы на вопрос(1)

Ваш ответ на вопрос