Resultados da pesquisa a pedido "h5py"
Gravando em um conjunto de dados composto com sequência de comprimento variável via h5py (HDF5)
Consegui criar um conjunto de dados composto que consiste em um int sem sinal e uma sequência de comprimento variável no meu arquivo HDF5 usando o h5py, mas não consigo gravar nele. dt = h5py.special_dtype(vlen=str) dset = ...
fora do núcleo da imagem 4D tif de armazenamento como hdf5 python
Eu tenho 27 GB de arquivos tiff 2D que representam fatias de um filme de imagens 3D. Eu quero ser capaz de dividir esses dados como se fosse uma matriz numpy4d simples. Parece que o dask.array é uma boa ferramenta para manipular de maneira limpa ...
Qual é a compactação recomendada para o HDF5 para desempenho rápido de leitura / gravação (em Python / pandas)?
Li várias vezes que ativar a compactação no HDF5 pode levar a um melhor desempenho de leitura / gravação. Gostaria de saber quais são as configurações ideais para obter um bom desempenho de leitura / gravação em: data_df.to_hdf(..., ...
Arquivos corrompidos ao criar arquivos HDF5 sem fechá-los (h5py)
Estou usando o h5py para armazenar dados do experimento em um contêiner HDF5. Em uma sessão interativa, abro o arquivo usando: measurement_data = h5py.File('example.hdf5', 'a')Depois, escrevo dados no arquivo usando algumas funções ...
Como atravessar um arquivo hdf5 usando o h5py
Como atravessar todos os grupos e conjuntos de dados de um arquivo hdf5 usando o h5py? Eu quero recuperar todo o conteúdo do arquivo de uma raiz comum usando um loop for ou algo semelhante.
Feche um arquivo de dados h5py aberto
Em nosso laboratório, armazenamos nossos dados emhdf5 arquivos através do pacote pythonh5py. No início de um experimento, criamos umhdf5 arquivar e armazenar matriz após matriz de matriz de dados no arquivo (entre outras coisas). Quando ...
Lendo TODAS as variáveis em um arquivo .mat com python h5py
Estou tentando extrair todas as variáveis de um arquivo '.mat' v7.3 e transformá-las em matrizes NumPy. Existe uma maneira de fazer isso genericamente, preferencialmente não precisando especificar nomes de variáveis? Como você pode obter todos os ...
Lendo a matriz de células de um Matlab salva como um arquivo v7.3 .mat com o H5py
Salvei uma matriz de células como um arquivo .mat no Matlab da seguinte maneira: test = {'hello'; 'world!'}; save('data.mat', 'test', '-v7.3')Como posso importá-lo como a lista de strings no Python com o H5py? eu tentei f = ...
Existe uma vantagem de velocidade de análise ou uso de memória no uso do HDF5 para armazenamento em grandes matrizes (em vez de arquivos binários simples)?
Estou processando grandes matrizes 3D, que muitas vezes preciso dividir de várias maneiras para fazer uma variedade de análises de dados. Um "cubo" típico pode ter ~ 100 GB (e provavelmente aumentará no futuro) Parece que o formato de arquivo ...
leia o arquivo matlab v7.3 na lista python de matrizes numpy via h5py
Sei que isso já foi perguntado antes, mas, na minha opinião, ainda não há respostas que expliquem o que está acontecendo e que não funcionam no meu caso. Eu tenho um arquivo matlab v7., 3 que está estruturado assim, ---> rank <1x454 cell> ---> ...