Percebo que a pergunta é um pouco confusa, mas não sabia mais o que fazer. Enfim, aqui está o código original:

private void readFile(String excelFileName) throws FileNotFoundException, IOException {
    XSSFWorkbook workbook = new XSSFWorkbook(new FileInputStream(excelFileName));
    if (workbook.getNumberOfSheets() > 1){
        System.out.println("Please make sure there is only one sheet in the excel workbook.");
    }
    XSSFSheet sheet = workbook.getSheetAt(0);
    int numOfPhysRows = sheet.getPhysicalNumberOfRows();
    XSSFRow row;
    XSSFCell num;
    for(int y = 1;y < numOfPhysRows;y++){    //start at the 2nd row since 1st should be category names
        row = sheet.getRow(y);
        poNum = row.getCell(1);
        item = new Item(Integer.parseInt(poNum.getStringCellValue());
        itemList.add(item);
        y++;
    }
}

private int poiConvertFromStringtoInt(XSSFCell cell){
    int x = Integer.parseInt(Double.toString(cell.getNumericCellValue()));
    return x;
}

Eu estou recebendo o seguinte erro

Exception in thread "main" java.lang.IllegalStateException: Cannot get a numeric value from a text cell
    at org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFCell.typeMismatch(XSSFCell.java:781)
    at org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFCell.getNumericCellValue(XSSFCell.java:199)

Mesmo que eu mude para obter uma string usandoXSSFCell.getStringCellValue() ou mesmoXFFSCell.getRichTextValue, Recebo o reverso da mensagem de erro acima (e estou me certificando de que seja uma int usandoInteger.parseInt(XSSFCell.getStringCellValue()).

O erro diz:

Exception in thread "main" java.lang.IllegalStateException: Cannot get a text value from a numeric cell
    at org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFCell.typeMismatch(XSSFCell.java:781)
    at org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFCell.getNumericCellValue(XSSFCell.java:199)

Sei que a coluna da planilha do Excel é de fato uma string. Não consigo alterar a planilha do Excel, pois ela é carregada em outro lugar, sempre usando o mesmo formato e formatação cada coluna primeiro leva muito tempo de processament

Alguma sugestão

[Solução] Aqui está o código da solução que vim da ajuda da @ Wivani:

private long poiGetCellValue(XSSFCell cell){
    long x;
    if(cell.getCellType() == 0)
        x = (long)cell.getNumericCellValue();
    else if(cell.getCellType() == 1)
        x = Long.parseLong(cell.getStringCellValue());
    else
        x = -1;
    return x;
}