Como mesclar> 1000 arquivos xml em um usando Java

Eu estou tentando mesclar muitos arquivos xml em um. Eu fiz isso com sucesso no DOM, mas esta solução está limitada a alguns arquivos. Quando eu executo em vários arquivos> 1000 estou recebendo um java.lang.OutOfMemoryError.

O que eu quero alcançar é onde eu tenho os seguintes arquivos

arquivo 1:

<root>
....
</root>

arquivo 2:

<root>
......
</root>

arquivo n:

<root>
....
</root>

resultando em: output:

<rootSet>
<root>
....
</root>
<root>
....
</root>
<root>
....
</root>
</rootSet>

Esta é minha implementação atual:

    DocumentBuilderFactory docFactory = DocumentBuilderFactory.newInstance();
    DocumentBuilder docBuilder = docFactory.newDocumentBuilder();
    Document doc = docBuilder.newDocument();
    Element rootSetElement = doc.createElement("rootSet");
    Node rootSetNode = doc.appendChild(rootSetElement);
    Element creationElement = doc.createElement("creationDate");
    rootSetNode.appendChild(creationElement);
    creationElement.setTextContent(dateString); 
    File dir = new File("/tmp/rootFiles");
    String[] files = dir.list();
    if (files == null) {
        System.out.println("No roots to merge!");
    } else {
        Document rootDocument;
            for (int i=0; i<files.length; i++) {
                       File filename = new File(dir+"/"+files[i]);        
               rootDocument = docBuilder.parse(filename);
               Node tempDoc = doc.importNode((Node) Document.getElementsByTagName("root").item(0), true);
               rootSetNode.appendChild(tempDoc);
        }
    }   

Eu experimentei muito com o xslt, sax, mas parece que estou perdendo alguma coisa. Qualquer ajuda seria muito apreciada

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