Tenho um quadro de dados semi-derretido que se parece com isso:

head(final_melt)

   Group       Source variable   value
 Control Whole Kidney     MZF1 0.23879
 Control Whole Kidney     MZF1 0.49381
 Control Whole Kidney     MZF1 0.40827
 Control Whole Kidney     MZF1 0.55548
 Control Whole Kidney     MZF1 0.34664
 Control Whole Kidney     MZF1 0.68102

@Group possui dois níveis (Controle e Doença), a fonte possui 4 níveis (Rim Inteiro, Glomérulo, Tubulointerstício e HK-2 + TGF-B). A variável também possui quatro níveis (TFAP2A, MZF1, YY1, SP1). Eu gostaria de fazer algo como o seguinte em um loop

d = subset(final_melt, final_melt$Source=="Whole Kidney")
qplot(data=d, Group, value, facets=.~variable, geom="boxplot")
pdf("Whole Kideny.pdf")
dev.off()

Enquanto eu sei que posso dizerfacets=Source~variable, os gráficos individuais acabam sendo muito pequenos para serem informativos. Então, preciso traçar um nível do fator Origem por vez.
O problema é que eu não consigo nem opdf() função para trabalhar. Ele cria um arquivo com o nome correto, mas quando tento abri-lo, o Adobe diz que ocorreu um erro ao abrir o arquivo e que ele já está aberto em outro aplicativo (por que adicionei odev.off(), mas isso não pareceu fazer nada

Qualquer ajuda é apreciada.
Cheers, Dav