ator de conversão para inteiro em um quadro de dad

Eu tenho o seguinte códig

anna.table<-data.frame (anna1,anna2)
write.table<-(anna.table, file="anna.file.txt",sep='\t', quote=FALSE) 

tabela @my no final contém números como os seguintes

chr         start    end      score
chr2      41237927  41238801    151
chr1      36976262  36977889    226
chr8      83023623  83025129    185

e assim por diante.....

Depois que eu estou tentando obter apenas os valores que se encaixam em alguns critérios, como pontuação menor que um valor específico

so estou fazendo o seguinte

anna3<-"data/anna/anna.file.txt"
anna.total<-read.table(anna3,header=TRUE)
significant.anna<-subset(anna.total,score <=0.001)

Error: In Ops.factor(score, 0.001) <= not meaningful for factors

Então eu acho que o problema é que minha tabela tem fatores e não números inteiros

Acho que minha pontuação anna.total $ é um fator e devo torná-la um número inteiro

Se eu ler corretamente o as.numeric pode resolver meu problema

Estou lendo sobre a função as.numeric, mas não consigo entender como posso usá-la

Daí você poderia me dar alguns conselhos?

Agradeço antecipadament

tenciosamente Anna

PS: tentei o seguinte

anna3<-"data/anna/anna.file.txt"
anna.total<-read.table(anna3,header=TRUE)
anna.total$score.new<-as.numeric (as.character(anna.total$score))
write.table(anna.total,file="peak.list.numeric.v3.txt",append = FALSE ,quote = FALSE,col.names =TRUE,row.names=FALSE, sep="\t")

anna.peaks<-subset(anna.total,fdr.new <=0.001)
Warning messages:
1: In Ops.factor(score, 0.001) : <= not meaningful for factors

novamente, eu tenho o mesmo problema ......