Eu finalmente tenho esse código trabalhando com um único argumento na minha linha de comando, ou seja, um arquivo para ele trabalhar, embora eu tenha projetado o código com o conceito de que ele trabalha com um número ilimitado de arquivos. O que ele faz é pegar um número X de arquivos de texto contendo palavras separadas por espaços e substituir espaços por\n criando assim uma lista de palavras. No entanto, ele conclui com êxito o primeiro argumento, mas ignora o segund

Outro problema menor parece que também imprime uma letra de lixo no final, um Y com dois pontos acima; Presumo algum símbolo EOF, mas não consigo parar de acontecer!

int main(int argc, char** argv) {
    FILE *fpIn, *fpOut;
    int i, j;
    j = 1;
    char c;
    char myString[256];

    printf("%d", argc);
    printf("\n");
    printf("The following arguments were passed to main(): ");
                for(i=1; i<argc; i++) printf("%s ", argv[i]);
    printf("\n");

    while(argc--) {
        for(i = 1; i < argc; i++) {
            fpIn = fopen(argv[j], "rb");
            snprintf(myString, 256, "%s~[%d]", argv[j], i);
            fpOut= fopen(myString, "wb");
            while (c != EOF) {
                c = fgetc(fpIn);
                if (isspace(c)) 
                    c = '\n';
                fputc(c, fpOut );
            }
            j++;
        }
    }
    return 0;
}