Você sabe por que isso funciona:

    public struct UserNameAndPassword
    {
        public string username;
        public string password;
    }


    [HttpPost]
    public IActionResult Create([FromBody]UserNameAndPassword usernameAndPassword)
    {
        Console.WriteLine(usernameAndPassword);
        if (this.AuthenticationService.IsValidUserAndPasswordCombination(usernameAndPassword.username, usernameAndPassword.password))
            return new ObjectResult(GenerateToken(usernameAndPassword.username));
        return BadRequest();
    }

Mas quando eu substituo por uma tupla, isso não funciona?

     [HttpPost]
    public IActionResult Create([FromBody](string username, string password) usernameAndPassword) //encrypt password?
    {
        Console.WriteLine(usernameAndPassword);
        if (this.AuthenticationService.IsValidUserAndPasswordCombination(usernameAndPassword.username, usernameAndPassword.password))
            return new ObjectResult(GenerateToken(usernameAndPassword.username));
        return BadRequest();
    }

usernameAndPassword.username e .password são nulos.

Você não tem permissão para usar tuplas em um controlador?