Gostaria que todo o conteúdo carregado com AJAX no meu aplicativo fosse avaliado pelo script JQuery do aplicativo, o mesmo que o conteúdo carregado normal. por exemplo. O JQuery varre o conteúdo carregado por AJAX em busca de seletores, como 'links de caixa modal' etc.

Todo o meu JavaScript está no document.ready normal, o que funciona bem para páginas carregadas em HTTP normais:

$(document).ready(function(){
  // my apps javascript
});

Gostaria de usar algo como .ajaxComplete para disparar uma reexecução de tudo o que está contido em document.ready para avaliar o conteúdo AJAX recém-carregado para seletores de jquery.

$(document).ajaxComplete(function(){
  // Re-run all my apps javascript
})

Existe algum código que eu possa inserir .ajaxComplete para fazer isso?

Espero que isso faça sentido. Informe-me, caso contrário, e editarei os detalhes da pergunta.