Nas informações da ajuda:

-J<flag>              Pass <flag> directly to the runtime system.
                      Use one -J for each runtime flag or flag argument
-R<flag>              Pass <flag> to the remote runtime system.
                      Use one -R for each remote flag or flag argument

Não consigo encontrar uma explicação nos doisdocumentação de ferramentas eguia do usuário jshell.

Além disso, o que é "o sistema de tempo de execução remoto" no contexto do jshell?