Misturando versões do .NET entre o site e os diretórios virtuais e o erro "aplicativo de servidor indisponível"

História de fundo
No mês passado, nossa equipe de desenvolvimento criou um novo aplicativo asp.net 3.5 para colocar em nosso site de produção. Depois de concluir o trabalho, solicitamos ao grupo que gerencia o servidor que copie o aplicativo para o nosso site de produção e configure o diretório virtual como um novo aplicativo.

Em 27/12/2010, dois 'Gineau Pigs' públicos foram selecionados para usar o aplicativo, e ele funcionou muito bem. Em 30/12/2010, recebemos uma notificação da equipe interna de que, quando esse membro da equipe tentou acessar o aplicativo (este era o Proprietário do Processo de Negócios), recebeu a mensagem 'Aplicativo de Servidor Indisponível'.

Quando liguei para o grupo que oferece suporte ao servidor, foi-me dito que provavelmente falhou, porque não fechei as conexões no meu código. No entanto, o mesmo grupo entrou e criou um pool de aplicativos separado para esse aplicativo de solicitação de extensão. Não teve problemas desde então.

Eu pesquisei um pouco, pois não gosto de ser responsabilizado pelas coisas. Descobri que a mensagem 'Aplicativo de servidor indisponível' também aparecerá quando você tiver vários aplicativos usando estruturas diferentes e não os colocar em diferentes pools de aplicativos.

Detalhes técnicos - Árvore da estrutura do nosso site

Main Website <-- ASP Classic
         +-Virtual Directory(ExtensionRequest) <-- ASP 3.5 

Do nosso grupo de suporte ao servidor:

'Revisou os logs do servidor e a configuração do site no IIS. Teve que redefinir o pool de aplicativos, pois não estava funcionando corretamente. Isso corrigiu o site e agora está novamente online. Fomos em frente e criamos um pool de aplicativos para a web de extensão, para que ele seja isolado do pool do site principal. No passado, vimos outro aplicativo fazer isso quando há uma conexão sendo deixada aberta e o pool é preenchido. Recomendaria revisar o código do site para garantir que nenhuma conexão seja deixada aberta. '

A verdadeira questão: O que realmente causou o fracasso? A conexão que está sendo deixada em aberto não é um problema do ASP Classic? O aplicativo ExtensionRequest não precisaria ser usado (mais de duas vezes) em primeiro lugar para deixar as conexões abertas? É mais provável que a falha seja causada por eles não se preocuparem em configurar o novo aplicativo em seu próprio pool de aplicativos em primeiro lugar?

Desculpe pelo longo vento