Então, o que ele faz é conectar com sucesso e depois enviar o arquivologo.png mas o conteúdo do arquivo não é o que estava no host da web ou o upload com html se eu usar um código de upload em html. O que ele coloca no arquivo é o texto REAL entre os segundos. Assim, nesse mesmo exemplo, o conteúdo de logo.png é literalmentelogo.png e não a imagem.

require_once("ftp/vendor/autoload.php");

use phpseclib\Net\SFTP;

$sftp = new SFTP('SERVER');

if (!$sftp->login('USER', 'PW')) {
    throw new Exception('Login failed');
}

$sftp->put("/some/path/logo.png", "logo.png", NET_SFTP_LOCAL_FILE);