Eu preciso usar igual em vez de contém. Eu tenho uma matriz de códigos chamada selectedDeviceTypeIDs, presumo que ele tenha dois códigos {1,2}

Preciso obter resultado da consulta se os IDs de dispositivos forem exatamente {1,2}, então substituí selectedDeviceTypeIDs.Contains com selectedDeviceTypeIDs.equal ou algo assim ...

m => m.Devices.Any(w => selectedDeviceTypeIDs.Contains(w.DeviceTypeID)

if (DeviceTypeIDs != null)
{
    Guid[] selectedDeviceTypeIDs = DeviceTypeIDs.Split(',').Select(Guid.Parse).ToArray();
    query = query.Where(j => j.HospitalDepartments.Any(jj => jj.Units.Any(m => m.Devices.Any(w => selectedDeviceTypeIDs.Contains(w.DeviceTypeID)))));
}