Configuração de CGI PHP (ou qualquer outra coisa) no web.config IIS

Recentemente, desenvolvi um instalador para um aplicativo Web (Sim, aplicativo Web com um instalador) usandoConjunto de Ferramentas Wix.

O assistente orienta o usuário a obter todas as informações básicas que o site precisa para a instalação e é semelhante a abaixo:

Usando ações personalizadas no final da instalação, configurei dinamicamente o IIS para manipular CGI usandoa documentação, para configurar o FastCGI para hospedar PHP, Python,Formulários. Existem muitas etapas e desenvolvimento para alcançar esses resultados, mas o problema está aqui:

Instalei o aplicativo e tudo funciona bem, mas, se eu desinstalar ou instalar outra Instância ou outro aplicativo Web, os manipuladores configurados pelo IIS são globalmente e sempre apontam para o primeiro instalado. (O problema ocorre quando eu desinstalo o aplicativo).applicationHost.config localizado emC: \ Windows \ System32 \ inetsrv \ config essa é a configuração do IIS tem a "configuração" como global.

<handlers accessPolicy="Read, Script">
            <add name="PHP-FastCGI" path="*.php" verb="*" modules="FastCgiModule" scriptProcessor="E:\CIM_dev\bin\php-v5.6\php-cgi.exe" resourceType="Either" />
            <add name="CGI-exe_2" path="*.exe" verb="*" modules="CgiModule" resourceType="File" requireAccess="Execute" allowPathInfo="true" />
            <add name="TRACEVerbHandler2" path="*" verb="TRACE" modules="ProtocolSupportModule" requireAccess="None" />
            <add name="OPTIONSVerbHandler2" path="*" verb="OPTIONS" modules="ProtocolSupportModule" requireAccess="None" />
            <add name="StaticFile2" path="*" verb="*" modules="StaticFileModule,DefaultDocumentModule,DirectoryListingModule" resourceType="Either" requireAccess="Read" />
        </handlers>

Minha pergunta é: existe alguma maneira de fazer essa configuração para cada site no diretórioweb.config? Eu tenho tentado todas as coisas sem sucesso.